Nota: l'articolo che segue contiene spoiler sulla trama di Final Fantasy IX, in quanto gli eventi precedenti all'inizio del gioco verranno scoperti soltanto nelle fasi più avanzate di FFIX.
Siamo ad oltre 5.000 anni prima le avventure di Final Fantasy IX, quando i pianeti Gaia e Tera (Terra nella versione americana) coesistevano all'interno dello stesso sistema solare. Tera era un pianeta terribilmente antico, e già diverse volte si era trovato ad un passo dall'estinzione. I suoi abitanti, però, avevano escogitato e messo in atto già diverse volte un piano per prolungarne la vita: la "fusione". Tera avrebbe assorbito al suo interno un altro corpo celeste, assimilandone l'energia vitale e rigenerandosi. I Terrestri credevano di aver scoperto la via per l'immortalità, e ritenevano di poter conservare e tramandare la loro civiltà e la loro tecnologia per sempre, semplicemente fondendosi con un pianeta più giovane.
Gaia, a tal fine, era un ottimo candidato. Per vigilare sulla fusione con Gaia, i Terrestri crearono un androide di nome Garland a cui affidarono l'intera gestione del processo.
La fusione, tuttavia, fallì.
Il cristallo di Gaia rigettò la fusione e la sua superficie venne interamente devastata, i suoi abitanti travolti e annichiliti dall'immane energia generatasi. Anziché finire assorbito da Tera, il pianeta più giovane prevalse e attirò al suo interno il pianeta morente. Gaia mantenne la sua luna blu e attirò nella sua orbita anche la luna rossa di erra, e molte strutture e costruzioni Terrestri arrivarono su Gaia. Gli abitanti di Tera si rifugiarono in una condizione di stasi per preservare le forze e ordinarono a Garland di elaborare un nuovo piano per assimilare l'energia di Gaia e ripristinare Tera.
Garland sapeva di poter salvare il suo pianeta dalla distruzione, ma sapeva anche che questo avrebbe richiesto centinaia, se non migliaia, di anni. La giusta intuizione arrivò due migliaia di anni dopo, circa 3.000 anni prima dell'inizio del gioco. Il nuovo piano ideato da Garland consisteva nel privare il cristallo di Gaia delle sue anime, così da indebolirlo quel tanto che bastava da renderlo docilmente assimilabile da Terra.
A questo scopo posizionò su Gaia l'Albero di Iifa, e lo programmò come unica valvola di accesso al nucleo del pianeta. Creò poi Soulcage: la creatura avrebbe "smistato" le anime, impedendo che quelle degli abitanti di Gaia potessero fare ritorno al loro pianeta, e sostituendole invece con quelle dei Terrestri. Flora e fauna di Tera presero a rivivere sulla superficie di Gaia man mano che il vecchio pianeta recuperava la sua energia, mentre l'Albero di Iifa continuava a rifiutare le anime di Gaia attraverso le sue radici, dando origine alla Nebbia.
La Nebbia, intrisa di anime disperate, provocò la nascita di mostri sempre più feroci e indurì il cuore degli abitanti delle zone in cui era più diffusa, spingendoli a farsi guerra tra loro. Tra gli abitanti delle aree invase dalla Nebbia c'erano anche gli Invocatori, che padroneggiavano l'arte dell'invocazione e degli Eidolons, potenti creature manifestazione dei ricordi collettivi racchiusi nel cristallo del pianeta. Un giorno essi invocarono Alexander, il più potente tra gli Eidolons, ma non riuscirono a controllarlo. Il terrore e la distruzione che seguirono, spinsero gli invocatori a prendere delle contromisure: Alexander fu "estrapolato" dal suo Invocatore e rinchiuso in una gemma divisa in 4 frammenti. Tre furono consegnati ai regni del Continente della Nebbia: Alexandria, Lindblum e Burmesia. Il quarto frammento venne conservato dagli Invocatori che frattanto si erano trasferiti nel Continente Esterno, trovando casa a Madain Sari.
Il popolo del Continente della Nebbia, con il passare dei secoli, si dimenticò dell'arte dell'invocazione e i frammenti del cristallo di Alexander furono considerati dei semplici gioielli regali. Frattanto, il continente continuava a essere devastato dalla guerra interna di Burmesia, i cui abitanti si combattevano senza tregua l'un l'altro, finché metà della popolazione portò con sé il frammento di cristallo e si rifugiò nella città di Cleyra, che fu isolata dal mondo con una perenne tempesta di sabbia.
Anni dopo, gli studiosi di Lindblum riuscirono a creare delle airship in grado di funzionare con la Nebbia, e questo portò alla fine dei conflitti a causa dell'ormai schiacciante superiorità bellica del regno di Lindblum, che poteva dominare incontrastato lo spazio aereo. Grazie alla saggezza dei suoi sovrani, il regno non sfruttò questo suo vantaggio per lanciarsi alla conquista delle altre nazioni, ma impose invece una generale condizione di pace destinata a durare secoli.
La fine della guerra, però, non corrispondeva agli obiettivi di Garland. Garland aveva bisogno di un flusso costante di anime per rigenerare il cristallo di Terra: aveva bisogno che gli abitanti del pianeta continuassero a farsi guerra e a morire. L'androide creò allora un Jenoma, il suo "Angelo della Morte", affidandogli il compito di dare il via a nuovi conflitti. Il suo nome era Kuja. Con il passare degli anni, Kuja sviluppò una forte personalità che lo portò oltre gli scopi del suo creatore. Il suo desiderio era liberarsi dalle catene di Garland e dominare incontrastato su Gaia e Tera. Garland si accorse dei "malfunzionamenti" della sua creatura e creò così un suo rimpiazzo, destinato a prenderne il posto: Gidan. Offeso e insieme impaurito dalla mossa di Garland, Kuja rapì Gidan e lo abbandonò su Gaia, dove il ladruncolo crebbe del tutto ignaro delle proprie origini e dello scopo per cui era stato creato.
Frattanto, Garland continuò a servirsi di Kuja per mettere in atto il suo piano. Oltre a scatenare nuove guerre, bisognava eliminare ogni possibile ostacolo alla riuscita della fusione. L'amministratore stellare temeva la potenza degli Invocatori, e sapeva che il cristallo di Tera era ancora troppo debole per poter creare a sua volta degli Eidolons. Così inviò Kuja a distruggere il loro villaggio: Kuja obbedì, ma fu in questa occasione che venne a conoscenza del potere degli Eidolon e ne rimase affascinato. Decise dunque di recuperare il cristallo di Alexander e di usarne il potere per sfidare Garland.
Siamo giunti infine all'inizio della storia di gioco. Grazie alle sue ricerche, Kuja scopre che Garnet, principessa di Alexander, è in realtà una Invocatrice i cui Eidolons dormienti sarebbero stati perfetti per sottomettere le altre nazioni e ottenere i loro cristalli di Alexander. Manipola così la regina Brahne, promettendole il dominio sul mondo intero, nel tentativo di assicurarsi il suo frammento. Per riuscirci, Kuja replica il processo di creazione dei Jenoma dando vita ai Maghi Neri, un esercito personale dagli sterminati poteri magici che gli avrebbe consentito di sconfiggere Lindblum, Burmesia e Cleyra.
Il resto è storia.
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