Dopo 18 mesi di inattività dovuti allo scioglimento temporaneo del suo organico, il Garden di Rinoa ha finalmente riaperto i battenti: l'Ordine dei Garden ne ha autorizzato la ricostituzione, disponendo che la struttura - notevolmente potenziata ed ammodernata - fosse amministrata dal SeeD Commander Ruben ShinRa. Nei primi giorni, SeeD e Cadetti hanno preso confidenza con la nuova struttura e, soprattutto, con i nuovi compagni: infatti, alcuni SeeD e SeeD Commander della precedente gestione erano stati confermati, ma per la maggior parte si trattava di nuovi soldati.

Non sono mancate occasioni per stringere nuove amicizie: il buffet di inaugurazione successivo al discorso d'apertura di Ruben, o la scelta del ruolo da ricoprire all'interno del Garden.
Non c'è voluto molto, tuttavia, prima che si tornasse all'azione. Dopo breve, infatti, l'Ordine dei Garden ha assegnato al Garden di Rinoa la sua prima missione. Le Mandragore vicino Toleno hanno causato numerosi problemi, a causa della loro rapida proliferazione. La squadra capitanata dal SeeD Commander Drizzt ha raccolto informazioni che hanno condotto i SeeD al ricercatore bio-medico Donald McFlower, uno scienziato alle prese con la ricerca di una formula che creasse il "fiore perfetto" - originariamente una cura per la malattia di sua moglie. Drizzt e i suoi compagni hanno avuto un violento scontro con il dottore, uscendone vittoriosi e completando la missione.
Di ritorno al Garden, i SeeD sono venuti a conoscenza proprio da McFlower dell'esistenza della Orion Tower, della quale il dottore era un ex dipendente. Appena consegnato il prigioniero al Garden Supremo, l'Anziana Rinoa - membro del Consiglio degli Anziani dell'Ordine dei Garden - ha assegnato al Rinoa's Garden una nuova missione: i SeeD avrebbero dovuto indagare sulla Orion Tower, ormai ridotta ad un cumulo di macerie nei pressi della città di Daguerreo. Dopo alcune ricerche, i SeeD hanno scoperto uno strano progetto, di cui erano responsabili lo stesso McFlower, il Dr. Totto, due uomini - ormai defunti - ed un quinto uomo sconosciuto. Intuendo che la ricerca del "fiore perfetto" potesse avere un qualche collegamento con questo progetto, e dopo aver ricevuto una richiesta di soccorso da parte del quinto misterioso ricercatore, il Garden ha organizzato una squadra che si è recata alla Lacrima dell'Angelo, nei pressi di Toleno, per incontrare il Dr. Totto. Questi ha dissipato ogni dubbio: nella ricerca del "fiore perfetto", il team aveva scoperto la formula di un potente siero, in grado di migliorare notevolmente le prestazioni fisiche di un essere umano, ma che, lentamente, lo avrebbe trasformato in un Ghoul, in un non-morto. Il progetto fu denominato "Rinascita", e venne condotto dai vertici della Orion Tower su uomini disperati, emarginati o tossico-dipendenti. Totto ed i ricercatori, con un efficace incantesimo, riuscirono a spezzare la formula, conservandone ognuno un pezzo; ma la società riuscì ad impossessarsi delle varie parti, fatta eccezione per l'ultima, custodita dal quinto ricercatore.

Tornati alla base, i SeeD hanno ricevuto la visita di Alfonse Domenic, un Ghoul: Alfonse ha richiesto l'aiuto militare del Garden per difendere il Villaggio dei Non-Morti dall'attacco dei mercenari assoldati dalla Orion Tower.
Accettato l'incarico e giunti sull'Isola dei Morti, i SeeD hanno fatto la conoscenza di Edmund, un Ghoul ostile al genere umano ed in combutta con l'Orion Tower, perché erroneamente convinto che questa, una volta entrata in possesso dell'ultima parte della formula, li avrebbe aiutati a trovare una cura alla loro malattia.
Nel frattempo, il resto della comunità Ghoul iniziava invece a riporre le proprie speranze nel sangue immortale del SeeD Commander Drizzt - di razza Drow - credendo di poterne ricavare un vaccino che li facesse tornare umani.
Seguì un terribile scontro tra le varie fazioni: da un lato, Edmund ed i suoi seguaci affiancati ai mercenari della Orion Tower, dall'altro, i SeeD e la maggior parte dei Ghoul, molti dei quali perirono nel difendere Drizzt, la loro speranza. Il combattimento ebbe fine solo grazie all'intervento del Garden di Alexandria e di Xezar, Inquisitore dell'Ordine dei Garden tanto noto quanto temuto, il quale prese in custodia il villaggio, i dirigenti della Orion Tower ed il quinto ricercatore (Isaac). Il Garden di Rinoa fu esautorato dall'incarico ed invitato a ripartire, sebbene nessuno dei SeeD fosse convinto che quella fosse la vera fine della storia di Alfonse Domenic e dei Ghoul.

Chiusa - o almeno così parrebbe - la vicenda dei Ghoul e della Orion Tower, dopo qualche giorno il Garden ricevette una richiesta di soccorso da parte di Neoyevon. Secondo Neoyevon, l'avversa fazione della Lega della Gioventù le avrebbe sottratto un artefatto dalla potenza bellica tanto elevata da mettere in pericolo la pace dell'intera Spira.
Nel frattempo, e all'insaputa di tutti, la SeeD Aura è stata rapita da un mutaforme, che per un breve lasso di tempo ha preso il suo posto nel Garden, prima di essere scoperto e ucciso dal Cadetto Sirius.
Il Garden organizzò due squadre: la prima, capitanata dal SeeD Commander Drizzt Do Urden, avrebbe ottemperato alla richiesta di soccorso di Neoyevon; la seconda, sotto la guida del SeeD Commander Pip, avrebbe indagato sulla sparizione di Aura, recandosi ad Andalusia - nuova cittadina di Spira legata al culto dei Carneriani, una setta devota alla carne e alla materialità, che legittimava qualsiasi esperimento sul corpo per migliorare il proprio potenziale fisico -, più precisamente alla Norights S.p.a., il cui nome era impresso su un chip rinvenuto nel cadavere del mutaforme.
Drizzt e la sua squadra scoprirono che non si era trattato di un furto, ma di una abile messa in scena. La Lega, o almeno i membri che ne muovono i fili, erano d'accordo con Neoyevon: le tre grandi fazioni di Spira si erano alleate per riuscire ad utilizzare l'arma. Inoltre, scoprirono che il capo non ufficiale della Lega, un Carneriano di nome Adam, aveva commissionato il rapimento di Aura alla Norights S.p.a., azienda molto vicina ai Carneriani: la SeeD era soltanto una cavia per far funzionare l'arma. Dopo averlo eliminato Adam, i SeeD del Garden di Rinoa lasciarono la Lega sotto la sorveglianza dell'Ordine.
Nel frattempo, la squadra di Pip si era infiltrata nella Norights, scoprendo che dietro un'innocua azienda produttrice di tabacco si nascondeva, invece, un'organizzazione dedita al potenziamento delle prestazioni fisiche dei Carneriani, ossia alla creazione di armi umane dall'alto potenziale bellico. L'azienda veniva utilizzata come copertura, mentre grazie ad un'intercettazione e all'aiuto di una squadra dell'Ordine il Garden riuscì a scoprire che l'arma si trovava alle Rovine di Omega... insieme ad Aura.

Venne immediatamente formata una squadra: Pip, Sirius ed il nuovo arrivato Egil sarebbero arrivati in incognito alla base dei Carneriani, mentre il Garden avrebbe attraccato all'Isola di Bikanei. L'obiettivo era quello di attirare le attenzioni del nemico sulla struttura, così che la squadra avesse potuto agire indisturbata, e procedere al recupero di Aura ed alla neutralizzazione dell'Arma. Il piano andò come previsto: mentre i Carneriani sferrarono il loro attacco alla Scuola Militare, la squadra di Pip riuscì ad infiltrarsi nelle Rovine di Omega, prima perfettamente nascosta, poi evitando la trappola di un finto alleato, uno scienziato che si era offerto di indicare una strada nascosta e più sicura per arrivare dalla loro amica; egli rivelò, infatti, che Erold (il Capo dei Carneriani) era a conoscenza della loro presenza nella base, e che continuando su quel percorso sarebbero finiti ben presto per cadere in un agguato. Decisero di fidarsi, ma infine Sirius si accorse del tranello: grazie alle sue abilità innate, scoprì che lo scienziato era un Mutaforme, e così dopo un breve combattimento lo uccisero, proseguendo per il percorso corretto. Sfruttando il fatto che i loro nemici si aspettassero che la squadra stesse venendo condotta in pasto a loro, riuscirono a proseguire senza problemi. Tuttavia, il pericolo era dietro l'angolo: ben presto fecero la conoscenza di Janeth, braccio destro di Erold, con la quale ingaggiarono un mortale combattimento che li vide uscire vincitori. Finalmente, riuscirono a raggiungere la stanza dove era custodita l'arma, nonché il corpo di Aura, ma non prima di ricevere un inaspettato aiuto: tre armille per difendersi dagli attacchi psichici del marchingegno. All'interno della stanza trovarono Erold, ma grazie all'aiuto di due scienziati, Nick e Jack, che avevano sostituito il corpo di Aura con quello di un Mutaforme e sabotato l'Arma, riuscirono a neutralizzare il piano di Erold, costringendolo ad una rovinosa fuga. Nel frattempo, il combattimento al Garden si era concluso, anche grazie all'aiuto del Garden di Andalusia, la struttura dell'Ordine presente su Spira.

Per riparare i danni causati dal combattimento, Ruben decise di condurre il Garden a Fisherman's Horizon, ma neanche qui i SeeD riuscirono a trovare un po' di tranquillità: un'esplosione durante le riparazioni, unita all'incontro con una misteriosa figura incappucciata in grado di teletrasportarsi utilizzando i Cristalli, interruppe il riposo di SeeD e Cadetti, costringendoli a tornare in attività. L'individuo, un ex-SeeD dalle motivazioni ancora sconosciute, aveva ferito brutalmente Drizzt e Matt, il nuovo arrivato al Garden di Rinoa. Una squadra si mise subito ad indagare, seguendo un'altra esplosione causata dal teletrasporto: diretti al Pannello Solare, i SeeD speravano di trovare presto nuove informazioni.
Fu lì che l'uomo riuscì a catturare i SeeD, per poi trascinarli nella prigione situata nel deserto di Galbadia. L'intero Garden fu spostato sul posto per la missione di soccorso, ma ciò permise a Mark Emminger (questo era il nome dell'individuo), che aveva pianificato tutto, di penetrare a sorpresa nella struttura per distruggere i Cristalli, che egli riteneva pericolosi ed artefici della morte di molte persone a lui care, nonché del balzo temporale che l'aveva scaraventato in quell'epoca. O almeno così credeva. Fu fermato, ma nonostante la fuga su Ivalice fu finalmente catturato. La sua rabbia verso l'Ordine, fruitore dei Cristalli, era dovuta al fatto che essi avevano causato un incidente che aveva coinvolto suo padre, uno scienziato, ricomparso anni dopo come attentatore contro l'Ordine. Si trattava di un paradosso temporale: sua figlia, Marie, possedeva poteri simili a quelli di Ellione ed aveva trasferito la sua coscienza in quella di suo padre, nel passato. Lui aveva tentato di fargli distruggere i Cristalli, trovandosi accidentalmente imprigionato nel corpo del padre. L'attentatore non era suo padre, il vero Mark Emminger, ma lui, Joseph Emminger, che aveva appena compiuto le azioni attribuite al genitore. E quel ciclo avrebbe continuato a ripetersi, per sempre.

In giorni relativamente tranquilli Ruben subì un attentato, fortunatamente fallito. Non c'erano dubbi: il criminale era un membro del Garden. La struttura fu chiusa e messa in quarantena, con l'unica eccezione dell'arrivo dell'Anziano Raistlin a dare supporto. Il clima di tensione era palpabile, e la capacità del nemico di manipolare le menti altrui lo rendeva estremamente sfuggente. Fu infine catturato, ma nel contempo altri Presidi erano stati oggetto di attentati simili. L'obiettivo non era necessariamente ucciderli, ma creare un continuo flusso di informazioni negli archivi del Garden Supremo (per via delle ricerche sulle possibili talpe negli organici dei Garden), affinché alcuni membri dell'organizzazione che aveva messo in piedi il piano potessero reperire una mappa, indicante la posizione di potenti artefatti. L'organizzazione in questione rispondeva al nome di Dekatris, ed era composta da tredici membri.
I SeeD ricevettero una richiesta di aiuto per la scomparsa di una statuetta dal museo di Alexandria, contenente uno degli artefatti, la Sfera Zashal. Ovviamente la Dekatris ne era responsabile, ma i SeeD riuscirono a recuperare l'altro artefatto (l'Amuleto di Jenoma), mentre l'Organizzazione, inviando alcuni membri ad Oelivert, attivò la Sfera. Complici le spaccature interne alla Dekatris ed un atto di insubordinazione da parte di Aura, si arrivò alla resa dei conti. I due manufatti, una volta riuniti della Destiny, avevano il potere di realizzare qualunque desiderio, a patto di sacrificare qualcosa di pari valore. Ruben riuscì a ricostituirla e poi a distruggerla offrendo in cambio le vite dei componenti della Dekatris, sbaragliando l'organizzazione e sventando il piano del loro leader: far rinascere Corona sacrificando l'intero Ordine dei Garden, responsabile della distruzione della sua città natale. Ruben non fece rapporto sull'insubordinazione di Aura, che anzi divenne finalmente SeeD Commander, dopo anni di eccezionale servizio.